Junjou foca em três casais diferentes, ligados entre si de alguma forma. São chamados Junjou Romantica (principal), Junjou Egoist e Junjou Terrorist. Há, ainda, duas estórias paralelas.
Junjou Romantica
O estudante Misaki Takahashi precisa de um professor particular para ajudá-lo a melhorar seu desempenho e entrar na Universidade Mitsuhashi, à qual tanto aspira. Para isso, seu irmão Takahiro convence seu melhor amigo, o escritor Akihiko Usami, a tornar-se tutor de Misaki.
Misaki estranha o comportamento e a personalidade de Usami, apelidado de Usagi-san por Takahiro (usagi significa coelho em japonês). O escritor é como uma criança grande; seu quarto é coberto de brinquedos e ursos de pelúcia. Porém, o que mais espanta o garoto é descobrir que Usagi-san, por trás de um pseudônimo, escreve BL novels (romances gays) usando neles o nome de seu irmão Takahiro.
A partir daí, começa a confusão. Takahiro se casa, e Misaki acaba indo morar com Usagi. Surpreso com a rapidez com que o relacionamento se transforma em romance, Misaki tem que agora saber como lidar com suas novas emoções.
Junjou Egoist
Hiroki Kamijou é um homem frustrado de péssimo temperamento. O estudante universitário de Literatura foi, durante toda sua vida, apaixonado pelo amigo de infância, Akihiko Usami, mesmo sabendo que este amava Takahiro Takahashi (Egoist se inicia seis anos antes de Romantica).
Arrasado com seu fracasso, Hiroki chorava em um parque quando foi surpreendido por Nowaki Kusama, um jovem estudante que brincava com um foguete. Logo Nowaki, cujo nome significa tufão, pede para que Hiroki seja seu tutor, pois ele deseja estudar para tornar-se um pediatra. Meio a contragosto, Hiroki aceita a proposta e surpreende-se com a dedicação do garoto, que, apesar de ser mais novo, tem quase 1,90m de altura!.
Não demora muito tempo até Nowaki declarar que, desde o momento em que viu Hiroki chorando, apaixonou-se por ele. Obviamente, Hiroki fica muito confuso com a declaração e vê sua vida mudar repentinamente, como se tivesse sido atingida por um tufão.
Junjou Terrorist
Parece uma brincadeira do destino quando a vida de You Miyagi, professor de Literatura para quem Hiroki Kamijou trabalha, cruza com o colegial Shinobu Takatsuki, filho de seu chefe e, ainda por cima, irmão de sua ex-esposa. O garoto, que fala qualquer coisa que lhe vem à cabeça, declara seu amor a Miyagi, pedindo a ele que agora arque com as conseqüências, pois esse era seu destino.
O grande problema está no fato de que Miyagi nunca mais amou ninguém (nem mesmo sua ex, irmã de Shinobu) desde sua falecida professora. Sem saber explicar o porquê, ele ainda guarda lembranças dela, visita seu túmulo todos os anos e acha impossível apaixonar-se novamente sem sentir que está traindo a sensei.
Como um terrorista, Shinobu invade e destrói o estilo de vida de Miyagi, mudando drasticamente seu coração e fazendo com que o professor experimente um sentimento novo, para o qual ele estava destinado.
Junjou Minimum e Junjou Mistake
Nakamura Shungiku escreveu, ao longo da publicação da série, dois enredos paralelos. Um deles, Junjou Minimum, conta fatos da infância de Usami Akihiko e Kamijou Hiroki, sendo publicado esporadicamente em meio aos outros capítulos.
O outro, Junjou Mistake, foi publicado como um bônus junto do DVD do anime. Fala do envolvimento entre Isaka Ryuuichiro (editor de Akihiko) e seu assistente Asahina Kaworu, 10 anos antes do início da série.
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